En 1999 Dream Theater lanzaba su séptimo álbum "Metropolis Part 2 - Scenes From a Memory", considerado por muchos su obra cumbre y toda una referencia del heavy metal progresivo. Confeccionado a modo conceptual con una sofisticada narración que cuenta una intrigante historia ocurrida en 1928, en la cual un hombre se ve atormentado después de asesinar a una niña. En la trama este hombre se reencarna de la joven, reviviendo su pasado en sus propios sueños y toda esta historia se ve reflejada en un ambicioso y complejo trabajo, en donde las furiosas guitarras de Petrucci se enfrenta a los grandilocuentes teclados de Jordan Rudess, las pirotecnias de Mike Portnoy con las baquetas y al tremendo ritmo del bajista John Myung, todo ello bajo grandes pasajes de emotividad y crudeza, de poderío y sensibilidad. La amplia variedad de estilos en la voz de James LaBrie, va narrando cada uno de los capítulos de la misma, hasta el punto de que el oyente, atraído por la narración, se ve inmerso e involucrado irremediablemente en el guión de la historia. Dividido en varios actos y nueve partes, en un primera mitad muestra el enorme poderío instrumental de la banda, mientras que en la segunda mitad es mucho más compleja musical y líricamente. El álbum al completo es tan espectacular como antológico, de un virtuosismo alucinante por parte de todos los componentes del grupo, y por arriesgado y pretencioso que pueda parecer una obra de esta envergadura, el quinteto lo ejecuta de manera perfecta, manteniendo en todo momento una gran cohesión sin que haya un solo minuto de sonidos previsibles y desechables. Como botón de muestra de la grandeza de esta obra, aquí aparecen temas como "Through Her Eyes", "Overture 1928", "Home", "Beyond This Life" o "Dance of Eternity", sin duda alguna las mejores composiciones del metal progresivo de la década de los 90.